三国志战略版的保护策略核心围绕免战机制、藏兵保核、城防与驻守、迁城选址、同盟联防、资源与器械防护六大维度展开，通过主动规避、被动防御、协同支援形成立体防护体系，全方位降低城池与主力部队被攻破的风险。
免战机制是最直接的保护手段，政厅闭城需150分钟准备期，结束后获得6小时免战，期间无法被攻城，冷却6小时可再次使用，免战牌可提供8小时即时免战，主动进攻会失效且30分钟内无法重开，需提前囤积免战牌，在关键时段连续开启，免战期间仅做采集、研究等非攻击行为，迁城后立即开启免战，避免落地即遭攻击。藏兵是保护主力的核心技巧，将主力队伍主将拖至空队列副将位，使城内无主将队伍，敌方攻城时不会触发战斗，医院存伤兵也是藏兵方式，不治疗伤兵可避免兵力损失，分城器械队同样可藏兵，降低被掠夺资源的概率。
城防建设与驻守部署是基础防御，优先升级城墙、校尉府与城防军，城防军可大幅提升城池抗拆能力，箭塔、拒马呈品字形布置，延缓敌方器械推进，消耗敌军兵力。驻守部队不耗体力还能缓慢恢复士气与体力，主城、分城及高等级资源地派驻盾兵、枪兵为主的肉盾控制队，搭配刘备、曹操等减伤治疗武将，御敌屏障、暂避其锋等减伤战法，魅惑、挫锐等控制战法，形成稳固防守，多队驻守按到达顺序迎敌，可灵活调整驻守顺序应对不同敌军。
迁城选址与分城联防能从空间上降低被攻击概率，优先迁到地图边缘、角落等低活跃区域，远离前线与敌对高战聚集地，与盟友扎堆迁城形成集群防御，分城与主城形成犄角之势，互相支援，主城资源优先保障分城防御，任一城池遇袭可快速调兵策应。同盟协作是关键支撑，在城池周边建营帐群作为补给点，缩短支援距离，盟友部队交叉驻守形成防御网，定期侦察周边敌情，标记可疑行军路线，发现敌军集结立即求援并启动闭城准备，争取缓冲时间。
资源与器械防护可减少被攻击的吸引力，控制主城与分城资源库存量，避免留存大量可掠夺资源，高等级资源地派驻低损耗驻守队拖延时间，低等级资源地派低星队伍预警即可，器械部队藏于主城或安全营帐，避免野外暴露，主力部队与器械部队分离部署，防止被一锅端，同时合理分配兵力，主力用于防守反击，杂兵用于预警与骚扰，最大化防御效率。
