火影忍者手游极境修行模式共有5个关卡，每个关卡下设4个难度等级，分别为普通、中等、困难与修行之巅，全部通关且拿到高分可解锁专属称号与丰厚奖励。
这5个关卡对应五大忍村主题，依次为风影之章、雷影之章、水影之章、纲手之章与土影之章，每关核心BOSS与阶段机制各不相同。风影之章以勘九郎与我爱罗为核心，分多阶段战斗，后期需击破砂之眼与砂柱机制；雷影之章对战达鲁伊与四代雷影，BOSS会随血量降低释放高压突进与雷遁奥义；水影之章需挑战长十郎、青与照美冥，BOSS技能附带大范围水遁与毒伤；纲手之章由静音与纲手镇守，纲手半血后会开启狂暴回血模式；土影之章面对黄土与大野木，大野木拥有岩分身、岩石巨人及石化等复杂机制。
玩法核心在于忍者分配与印章选择的策略搭配，每关仅能选择一名忍者且选定后不可更改，挑战失败不消耗忍者次数。难度解锁需按顺序推进，普通、中等、困难难度有固定分数上限，修行之巅难度则无分数限制，是冲击高分与排行榜的关键。印章系统为关卡附加减益效果，如降低玩家攻击、增加BOSS防御等，选择的减益效果越强，通关后获得的分数越高，想要拿到专属称号需累计达到930分左右。
忍者选用有明确限制，前两关可使用S级忍者，前三关可用A级忍者，最后一关仅能使用C级忍者，合理规划高战力忍者分配是通关关键。实战中需精准把控BOSS阶段机制，例如我爱罗砂壳阶段需优先击破砂之眼，大野木岩石巨人阶段需灵活走位躲避，雷影突进时利用替身术规避伤害并反手输出。同时需搭配技能连招与奥义释放时机，在BOSS硬直期打出爆发伤害，高效通关高难度关卡。
